Os primeiros povoadores de Ayamonte chegaram a estas terras a uns 4.500 anos atrás, se bem que Ayamonte como cidade não começou a crescer até a época dos tartessos. À partir de então, tanto os romanos quanto os árabes e posteriormente os cristãos começaram a crescer ao redor da desembocadura do Rio Guadiana. Os primeiros assentamentos em Ayamonte também estão datados da Idade do Bronze.

Alguns afirmam que a presença humana em Ayamonte se reporta aos 4.500 anos de antiguidade, enquanto as orígens da cidade se situam na época da civilização dos Tartessos. A partir de então, os romanos, os árabes e os cristãos começaram a desenvolver esta terra, um desenvolvimento que começou a se efetuar ao redor do Rio Guadiana.

Quanto ao legado, há restos de uma fortaleza de origem romana, se bem que depois, no Século XIII para ser certo, Sancho II de Portugal expulsou aos árabes, depois Alfonso XI cedeu terras ao condado de Niebla.

No ano de 1664 Felipe IV concedeu o título de cidade a Ayamonte. O último marco histórico foi em 1992 com a inauguração da Ponte do Centenário, que une as margens do Rio Guadiana. Até então as travessias que se realizavam em balsas.

Durante os Séculos XVI e XVII Ayamonte se converteu em um dos núcleos urbanos mais importantes de toda costa de Huelva. No século XIX, a escassez de produtos da terra, que no davam o suficiente propiciou que os ayamontinos se lançassem ao mar, propiciando que a pesca se convertera em um importante motor de desenvolvimento para a zona.

Em nossos dias, Ayamonte é uma cidade próspera que apóia sua economia na agricultura, na pesca e no turismo.