La localidad de Ayamonte no tiene estación de ferrocarril pero, al igual que ocurre con los aeropuertos, cuenta con ciudades cercanas, tanto en España como en Portugal, que sí tienen estación de tren y conexión con distinas ciudades.

Para llegar en tren hasta Ayamonte tiene dos opciones, depende también de dónde venga.

Si viene de Portugal, la estación más cercana es la de Vila Real de Santo António, a escasos 15 kilómetros, que cuenta con un servicio regional que conecta toda la costa sureña del país, desde Lagos y pasando, por supuesto, por Faro, estación a la que llegan trenes regionales, interregionales y el Alfa, que cruza de norte a sur Portugal.

Si viene desde España, la estación de Huelva, que se encuentra a unos 50 kilómetros, es su destino. Huelva tiene conexión con ciudades como Córdoba, Sevilla, Madrid... Además de con muchas localidades de la propia provincia de Huelva. Desde allí, habrá de tomar un autobús hasta Ayamonte.